项目负责人：徐巨才 博士
近年来基因组和蛋白质组学的迅猛发展，带动了其他各类组学研究（如肽组学、脂质组学、糖组学等）的发展。肽组学研究作为蛋白质组学的一个重要分支，在生物、医药、食品等各类领域中具有重要作用。尤其对于样品中的各类特征性肽段、功能性肽段分析，对于科学研究具有重要意义。
目前，肽组学分析研究大多直接借用蛋白质组学的分析方法，例如Maxquant、Mascot、Sequest、SearchGui、Peaks等（上述大部分软件均可在本站搜索查找搜索资源链接和使用方法，部分正在上传和完善！）。然而，由于蛋白质组学与肽组学分析研究关注的重点存在差异。蛋白质组学更多关注于样品的全蛋白组成，因此在样品前处理过程中，大多采用序列级胰蛋白酶对蛋白进行酶促降解，以产生特性强、长度分布均匀（8-25）、非极性差异较大的水解肽段，为样品分离和鉴定创造有利条件。但是，肽组学分析研究对象大多直接来自生产实际，样品中肽段的组成无法或不应该人为去改变。因此，肽组学分析样品常存在分离和鉴定困难的问题，其中，鉴定问题大多体现在短肽部分，长肽部分大多可通过上述软件实现鉴定。而对于短肽，Maxquant所使用的搜库引擎算法耗时极长，谱博成员经历过多次耗时超过一个月以上都没有搜出结果的情况，并且该方法对硬盘空间占用较为厉害（动辄几百G）；Mascot因打分方法问题，对短肽基本略过；Sequest的开源引擎名为comet，在SearchGUI中有集成，但此法搜索结果较少，对于2-4肽较少关注；Peaks等从头测序则存在解谱率不足等问题，常需手动提供Tag方能提高解谱率，但这种情况下会降低效率。
为此，我们针对食品、生物中的肽组学样品分析需求，发起本开源项目（PepOS），构建了一个全新的多肽解谱引擎及配套分析工具，具体包含一个混合型搜索引擎和一套完整的用户图形操作界面。
目前项目已完成全肽组分析引擎开发，涵盖短肽无穷检索引擎及序列搜库引擎，同时，可检索包含特殊氨基酸残基的多肽，如羟脯氨酸残基、硒半胱氨酸残基等，可适用于胶原三肽、硒半胱氨酸多肽等的鉴定和解谱，欢迎交流与联系。