蛋白质组学-Maxquant软件使用方法

图1  Maxquant软件界面截图

信息来源：

（1）https://www.maxquant.org/

（2）C. J, M. M, MaxQuant enables high peptide identification rates, individualized p.p.b.-range mass accuracies and proteome-wide protein quantification, Nat. Biotechnol. 26 (2008) 1367.

（3）Tyanova, S., Temu, T., and Cox, J., The MaxQuant computational platform for mass spectrometry-based shotgun proteomics, Nat Protocols, 2016, 11, pp 2301–2319

Maxquant是一款可用于高分辨质谱数据定量蛋白质组学分析的软件包，其支撑文献影响因子（IF）极高，达40以上，同时，该软件面向全网开源且免费，是蛋白质组学分析领域应用最为广泛的软件和方法之一。Maxquant集成了andromeda蛋白质搜库引擎，同时支持多种非标定量、同位素定量等多种蛋白质组定量分析方法，并且自带多肽、蛋白质鉴定结果可视化组件和窗口，是目前蛋白质组学分析领域少有的全而精型分析软件。

关于此软件的参数设置，请大家参考Mascot参数设置情况（https://www.peposx.com/2020/04/07/%e8%9b%8b%e7%99%bd%e8%b4%a8%e7%bb%84%e5%ad%a6%e9%89%b4%e5%ae%9a%e5%88%86%e6%9e%90%e5%bc%95%e6%93%8e-mascot-%e5%95%86%e4%b8%9a%e5%bc%95%e6%93%8e%e4%bd%bf%e7%94%a8%e4%bb%8b%e7%bb%8d/），不同软件其参数设置大同小异，此处仅介绍其不同之处及注意事项:

（1）关于原始数据格式：Maxquant诞生于thermo 质谱的使用者，同时得益于thermo质谱数据及其相关软件配套的开放性，Maxquant原生支持Thermo质谱数据格式，如*.raw，此外，还支持AB质谱的*.wiff数据格式，其他为通用质谱数据格式如*.mzML、*.mzxml等。

（2）关于Maxquant运行效率：Maxquant支持设置运算核心数（如上图左下角处理器数量设置），该数值建议不超过电脑自身核心数（如不清楚自身电脑核心数量，可调出电脑任务管理器——性能界面查看逻辑处理器个数，如下图2）。注意：Maxquant并不能在运行过程中一直保持多核心计算，而是间歇性调用多核心，因此其鉴定效率较Mascot低很多。

（3）Maxquant采用分组鉴定和计算模式，以便于进行组内的定量分析，因此其参数设置分别有组特定参数与全局参数的区别，大家可根据自身需要对样品进行分组设置。

（4）Maxquant的蛋白质搜库引擎虽可支持短肽（长度≤6）的鉴定，但鉴定效率极低，笔者曾尝试将多肽鉴定下限设置为4，历经一月有余尚未得到鉴定结果，因此建议多肽长度参数设置勿过短，同时，建议将Maxquant更多地应用于已知蛋白酶（如胰蛋白酶）降解样品的处理。

以上为小编根据个人使用经验积累所撰写的Maxquant软件使用介绍，请大家批评指正，多多交流，谢谢！后期将进一步推出相关文章，敬请期待！